1. 沒有從結果反推設計整個實驗流程
在開始就要考慮你將需要在申請或論文中展示的統計數據。所以在你訂購支試劑或者準備細胞前，更為重要的是從結尾開始去考慮整個實驗流程。這意味著要去理解生物學的假說，以及選擇哪種統計方法測試該假說是否合理。
正如統計學家 Frank Anscombe 說過：「重要的是我們能意識到真正的問題所在 ，并且盡我們所能去解決它。而不是另外找一個可以完*但毫不相干的替代問題。」
理解這些假說以及了解如何測試它們的合理性，可以帶領研究人員們走上從實驗設計到數據分析再到統計測試的康莊大道。作為獎勵，通過為統計測試做準備，您可以預測出實驗的規模，從而收集到充足的樣本使您實驗的終結果更為可信。
2. 未能設計合適的抗體配色方案
在理解生物學檢測指標后，可以開始進行配色方案設計。
這需要多步驟實現，首先確認檢測哪些分群，并且確認終的結果是檢測分群的百分比變化，還是檢測一種或多種標志物的表達。
在此基礎上，了解儀器和配色方案的熒光染料對進一步設計以減少補償問題和重要通道分辨率的損失。當設計配色方案時不要遺漏通道或可能用到的染料。同時注意不要在設計配色方案時顧此失彼。
3. 未能優化實驗
優化步驟須包括：
A）試劑滴定
在任何流式實驗中所使用的試劑都應該進行滴定和優化。 這樣做的目的是獲得信噪比和減少背景干擾。
B）PMT 電壓。
光電倍增管（PMT）靈敏度是基于微珠檢測設置的，這將確保進行實驗的電壓區間 PMT 的敏感度。
該電壓可根據特定的細胞/熒光組合進一步進行調整，從而進一步優化檢測靈敏度。
4. 未使用正確的對照
為了成功進行流式實驗分析，需要在確立穩健的多色配色方案，確定正確對照和進行重復性好的分析上花費大量的時間和精力。研究者不想看到他們的發現不是由于真正的生物學變化無法被證實，而是由于儀器的問題無法被證實。
除了資源共享實驗室和核心設備花費大量的時間在儀器質量控制上，研究人員也會把質量控制結合進他們的實驗中。質量控制管能實現確保實驗之間的 PMT 電壓一致，能確保實驗正確進行并且能確保設門策略具有說服力。
5. 未能提供顯示或設門策略的細節
對于終結果的展示，重要的是可信度和可重復性。在展示設門策略時（即使是在補充材料中），需說明每個區域是如何設置的。諸如使用何種對照和是否使用區域百分比等問題需要進行討論。
如果使用電子數據，請確保展示了數據的任何轉換形式，以及這些數據是如何持續應用的。避免使用單變量圖（直方圖），確保展示了圖上的數據總數，以便理解實驗的量級。
后，不要僅依靠圖片。流式細胞術數據可以是非常量化的數據，也可以盡可能地使用表格展示數據。
