由多個氨基酸分子縮合而成,含有多個肽鏈的化合物,叫做多肽.多肽通常呈鏈狀結構,叫做肽鏈.一個蛋白質分子可以含有一條或幾條肽鏈,肽鏈通過一定的化學鍵互相連接在一起.這些肽鏈不呈直線,也不在同一個平面上,而是形成非常復雜的空間結構.也就是說,蛋白質是若干多肽經過加工變形得到的具有復雜空間結構的大分子.選擇多肽還是蛋白作為抗原？遠慕生物科技為你解答：需要根據抗體應用于什么實驗，以及您所能獲得的材料來決定
1. 實驗過程中蛋白處于天然狀態，這時使用的抗體識別的一般是蛋白的構象表位和線性表位；這樣的實驗主要有CO-IP、FACS、Neutralizing/Blocking以及Elisa法檢測天然蛋白等
2. 實驗過程中蛋白處于變性或半變性狀態，這時大部分的構象表位已被破壞，抗體識別的一般都是線性表位；這樣的實驗主要有：Western、IHC/ICC/IF等以多肽作為抗原制備的抗體，識別的是線性表位，在使用時蛋白處于變性或半變性狀態下，結果可以令人滿意；但不能夠保證識別天然蛋白以蛋白作為抗原制備的抗體，識別蛋白的線性和構象表位，基本上所有的實驗都可以應用，所以，用蛋白作為抗原應是，但是在多肽抗原已可滿足實驗要求而且得到蛋白有一定難度的情況下，以多肽作為抗原制備抗體更加合適。
3. 如果提供全氨基酸序列的話，就可以表達蛋白；如果提供的只是多肽序列的話，那么只能合成多肽，但是一般來說，用完整的蛋白比用多肽免疫的效果要好，而且多肽免疫后的血清不保證一定可以識別完整的抗原。因為肽只是一個線性序列，而且是人工合成的，所以針對這個肽的抗體能否識別天然蛋白是不確定的，所以在制備抗體之前，對肽的設計很重要。
什么情況應該考慮用設計多肽做抗原？
答：如果氨基酸序列已知，但是由于基因克隆或表達等原因得不到抗原蛋白，或者僅需要得到針對抗原蛋白某幾個特定表位的抗體，就可以采用多肽合成的方式得到抗原。例如僅需要生產針對蛋白質某個區域的特異抗體，比如研究蛋白質N端的前體物，可以設計N末端的多肽抗原。如果抗體的使用目的是識別修飾的氨基酸，如磷酸化的絲氨酸、蘇氨酸或者酪氨酸，乙酰化賴氨酸等，就必須對多肽進行相應的修飾。一般情況下抗血清能夠識別用來免疫的多肽序列，但是不一定識別天然蛋白質的折疊結構。非連續性抗原的抗體能否識別抗原決定簇取決于用于抗體生產的多肽是否存在二級結構。
設計多肽做抗原時的幾點基本原則？
答：識別區域的選擇原則一般說來的抗原性識別區域應具備親水、位于蛋白表面和結構上易變形性等特點。既要考慮其免疫原性、特異性，還需考慮其合成難度等。通常有以下幾點建議：1、序列長度在8-20個氨基酸殘基之間（如果太短，就有多肽太特殊、所產生的抗體與天然蛋白之間的親和力（結合能力）不夠強的風險，同樣，如果序列長度超過20，將有可能引入二級結構，所產生的抗體失去特異性的可能，而且肽鏈越長，通常合成難度增大，不易獲得高純度的產品）；2、盡可能是在蛋白表面；3、保證該段序列不形成α-helix；4、N，C端的肽段比中間的肽段更好；避免蛋白內部重復或接近重復段的序列；5、避免同源性太強的肽段；6、交聯可以交聯在N，C兩端，選擇依據就是交聯在對產生抗體不太重要的一端；7、序列中不能有太多的Pro，但有一兩個Pro有好處，可以使肽鏈結構相對穩定一些，對產生特異性抗體有益。
