1、傳代保存法
有些微生物當遇到冷凍或干燥等處理時，會很快死亡，因此在這種情況下，只能求助于傳代培養保存法。傳代培養就是要定期地進行ATCC菌種轉接、培養后再保存，它是基本的微生物保存法，例如酸奶等常用生產菌種的保存。
傳代保存時，培養基的濃度不宜過高，營養成分不宜過于豐富，尤其是碳水化合物的濃度應在可能的范圍內盡量降低。培養溫度通常以稍低于適生長溫度為好。若為產酸ATCC菌種，則應在培養基中添加少量碳酸鈣。
一般地，大多數菌種的保藏溫度以5℃為好，像厭氧菌、霍亂弧菌及部分病原真菌等微生物菌種則可以使用37℃進行保存，而蕈類等大型食用菌的ATCC菌種則可以室溫直接保存。
傳代培養保存法雖然簡便，但其缺點也很明顯，如：
① ATCC菌種管棉塞經常容易發霉；
② 菌株的遺傳性狀容易發生變異；
③ 反復傳代時，菌株的病原性、形成生理活性物質的能力以及形成孢子的能力等均有降低；
④ 需要定期轉種，工作量大；
⑤ 雜菌的污染機會較多。
2、液體石蠟覆蓋保存法
該法較前一種方法保存ATCC菌種的時間更長，適用于霉菌、酵母菌、放線菌及需氧細菌等的保存。此法可防止干燥，并通過限制氧的供給而達到削弱微生物代謝作用的目的。
其具有方法簡便的優點，同時也適用于不宜冷凍干燥的微生物(如產孢能力低的絲狀菌)的保存，而某些細菌如固氮菌、乳酸桿菌、明串珠菌、分枝桿菌、紅螺菌及沙門氏菌等和一些真菌如卷霉菌、小克銀漢霉、毛霉、根霉等不宜采用此法進行ATCC菌種保藏。
3、懸液保存法
即使微生物混懸于適當溶液中進行保存的方法。常用的有：
① 蒸餾水保存法：適用于霉菌、酵母菌及絕大部分放線菌，將其菌體懸浮于蒸餾水中即可在室溫下保存數年。本法應注意避免水分的蒸發。
② 糖液保存法：適用于酵母菌，如將其菌體懸浮于10%的蔗糖溶液中，然后于冷暗處保存，可長達10年。除此之外，也可使用緩沖液或食鹽水等進行保存。
4、冷凍干燥保存法
它的原理是首先將微生物冷凍，然后在減壓下利用升華現象除去水分。從菌體中除去大部分水分后，細胞的生理活動就會停止，因此可以達到長期維持生命狀態的目的。該方法適用于絕大多數微生物ATCC菌種(包括噬菌體和立克次氏體等)的保存。在進行冷凍干燥時，需注意以下幾個問題：
a. 冷凍干燥前的培養條件：首先檢驗ATCC菌種純度。一般地說，將待保存的微生物在營養豐富且容易增菌的培養基上進行培養為宜;菌齡以達到對數生長期為好;若為有芽孢或孢子的微生物，則以芽孢和孢子形成以后進行保存為好;菌液濃度以高為好，如細菌應達到109～1010/ml。
b. 菌株號碼等的標記：可在安瓶外側標記或在安瓶內封入標簽。
c. 安瓶的準備：將安瓶在2%HCl中浸泡過夜，自來水沖洗3次后，蒸餾水刷凈，干燥，塞棉塞，貼標簽，干熱滅菌或溫熱滅菌后，60℃恒溫干燥。
d. ATCC菌種添加保護劑：常用的保護劑有脫脂乳、12%蔗糖、加7.5%葡萄糖的普通肉湯以及加7.5%葡萄糖的血清等等。
