由于制備單克隆抗體的實驗周期長，環節多，所以影響因素就比較多，稍不注意就會造成失敗。
其主要失敗原因和影響因素有：
1、污染
包括細菌、霉菌和支原體的污染。這是單克隆抗體制備工作中zui辣手的問題。一旦發現有霉菌污染就應及早將污染板棄之，以免污染整個培養環境。支原體的污染主要來源于牛血清，此外，其它添加劑、實驗室工作人員及環境也可能造成支原體污染。在有條件的實驗室，要對每一批小牛血清和長期傳代培養的細胞系進行支原體的檢查，查出污染源應及時采取措施處理。對于污染的雜交瘤細胞可以采取生物學的過濾方法，將污染的雜交瘤細胞注射于BALB／c小鼠的腹腔，待長出腹水或實體瘤時，取出分離雜交瘤細胞，一般可除去支原體污染。
2、融合后雜交瘤不生長
在保證融合技術沒有問題的前提下主要考慮下列因素：
(1)牛血清的質量太差，用前沒有進行嚴格篩選；
(2)HAT有問題，主要是A含量過高或HT含量不足；
(3)骨髓瘤細胞污染了支原體；
(4)EG有毒性或作用時間過長。
3、雜交瘤細胞不分泌抗體或停止分泌抗體
融合后有細胞生長，但無抗體產生，可能是HAT中A失效或骨髓瘤細胞發生突變，變成A抵抗細胞所致。有可能是免疫原抗原性弱，免疫效果不好。對于原分泌抗體的雜交瘤細胞變為陰性，可能是細胞支原體污染，或非抗體分泌細胞克隆競爭性生長，從而抑制了抗體分泌細胞的生長。也可能發生染色體丟失。之前提出的“三要”“三不要”，可能是防止抗體停止分泌的有效措施。
三要：
要大量保持和補充液氮凍存的細胞原管。
要應用倒置顯微鏡經常檢查細胞的生長狀況。
要定期進行再克隆。
三不要：
不要讓細胞“過度生長”。因為非分泌的雜交瘤細胞將成為優勢，壓倒分泌抗體的雜交瘤細胞。
不要讓培養物不加檢查地任其連續培養幾周或幾個月。
不要不經克隆化而使雜交瘤在機體內以腫瘤生長形式連續傳好幾代。
4、雜交瘤細胞難以克隆化
可能與小牛血清質量、雜交瘤細胞的活性狀態有關，或由于細胞有支原體污染，使克隆化難以成功。若是融合后的早期克隆化，應在培養液加HT。
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