PCR實驗室設計的核心問題是如何避免污染，pcr實驗室在實際工作中，常見的有以下幾種污染類型:擴增產物的污染;天然基因組DNA的污染;試劑的污染以及標本間的污染。
PCR實驗室的污染來源
1、樣本間交叉污染：
收集樣本的容器被污染或樣本密封不嚴外溢；不同樣本移液時忘記更換槍尖或未使用帶濾芯槍尖；移液器等實驗器具及耗材未及時消毒滅菌；不同樣本同時開蓋或樣本劇烈震蕩、反復吹吸導致氣溶膠形成擴散，相互交叉污染。
2、實驗試劑污染：
主要是在 PCR 組分試劑加樣過程中，由于移液器、容器、陰性對照及其它試劑被核酸模板或陽性對照污染。 加樣過程中，因為 PCR 試劑對溫度十分敏感，需要通過冰浴使得 PCR 試劑和 PCR 板/管處于 0℃，但這個過程也是充滿了污染的風險的。
3、擴增產物污染：
大量拷貝的產物泄漏或擴增后的PCR反應管意外開蓋，這是 PCR 反應中主要-常見的污染問題。因為 PCR 產物拷貝量大，遠遠高于 PCR 檢測數個拷貝的極限，所以極微量的 PCR 產物污染，就可形成假陽性。
4、克隆質粒污染：
作為陽性質控品的克隆質粒外溢。
要避免污染，首先應是預防，工作區域的嚴格劃分，各個實驗區域要有明顯的標記(如醒目的門牌或不同的地面顏色等)，以避免各個不同實驗區域設備物品、試劑等發生混淆。實驗室分為內廊、緩沖區、污染區，檢驗人員在緩沖區穿上防護服等裝備，全副武裝后分別進入到試劑準備區，標本制備區，擴增產物分析區。檢驗人員不可以將任何物品帶進實驗區。
檢驗人員在試劑準備區準備試劑，這里是實驗的開始。試劑準備完成后，通過傳遞窗傳送到標本制備區，在這里檢驗人員將標本和試劑混合好后，再通過傳遞窗傳送到擴增產物分析區。在這個區域，檢驗人員將得到終的核酸檢測結果。
合理的系統設置，合理的空調通風系統設置，盡量采用全送全排的空調系統;嚴格的氣流壓力控制，保證不同的實驗區內不同的壓力要求。
規范的操作，臨床基因擴增檢驗實驗室的技術人員必須進行上崗培訓，在實驗操作過程中，操作者必須戴手套，并經常更換。清潔工作及時、正確。實驗工作結束后，必須立即對本區進行清潔。
嚴格的管理:嚴格控制進出實驗室的人員。在各個實驗區域使用帶有明顯區別標志的工作服(如不同顏色)，當工作人員離開時不得將本區的工作服帶至其它區域;盡量減少在實驗區內不必要的走動以減少交叉污染的可能性。擴增產物分析區是主要的擴增產物污染來源，廢液不能在實驗室中傾倒，必須經消毒液浸泡消毒后在遠離實驗室的地方棄掉，用過的吸頭等一次性材料也應經消毒液浸泡消毒后統一處理，如焚燒等.
Pcr實驗室消毒用什么？
過氧化氫*的氧化能力可以破壞微生物體內的原生質，殺滅微生物，殺菌譜很廣，不僅可以殺滅細菌繁殖體和真菌，對細菌芽孢也有很好的殺滅作用，同時過氧化氫是一種清潔的化工產品，幾乎沒有任何污染。使用過氧化氫霧化不僅可以同時完成微生物實驗室內空氣和實驗室內不同物體表面、以及不易看到的污染死角的消毒，而且消毒*、消毒效果好，因此干霧化過氧化氫可以作為pcr微生物實驗室*消毒的一種方法進行使用。
