黃酮類化合物的提取，主要是根據被提取物質的性質和提取過程伴隨的雜質是否容易除去來選擇適當的提取溶劑。
黃酮苷類和極性較大的苷元，如羥基黃酮、雙黃酮、橙酮、查耳酮等，一般可用丙酮、乙酸乙酯、乙醇、甲醇、水或極性較大的混合溶劑提取，其中用得多的是甲醇—水(1：1)或甲醇。多糖苷類則可用沸水提取，以破壞水解酶的活性，避免苷類水解，例如從槐花米中提取蘆丁。在提取花青素類化合物時，可加入少量酸，如0.1%鹽酸，但提取一般黃酮苷類成分時不應加酸，以避免發生水解。黃酮苷元的提取宜選用極性較小的溶劑，如氯-仿、乙-醚、乙酸乙酯等。對于極性小的多甲氧基黃酮苷元，也可用苯進行提取。
對于得到的粗提取液，可進一步回收溶劑濃縮成浸膏后，再用溶媒萃取、堿提酸沉淀、大孔吸附樹脂、超臨界流體萃取、超聲波等方法初步精制。
1．溶劑萃取法
利用黃酮類化合物與混入的雜質極性不同，選擇不同的溶劑進行萃取，不僅可以使黃酮類化合物與雜質分離，還可以使苷類與苷元或極性苷元與非極性苷元相互分離。例如植物葉子的醇浸提液，用石-油醚萃取，可以除去葉綠素和胡蘿卜素等脂溶性色素；水提取液濃縮后加入3-4倍量的乙醇，可以沉淀除去蛋白質、多糖等水溶性雜質。
有時溶劑萃取過程也可以用逆流分配法連續進行。常用的溶劑系統有：水—醋酸-乙酯、正丁-醇—石-油醚等。
2．堿提酸沉淀法
黃酮類化合物分子中大多數都含有酚羥基，顯弱酸性，易溶于堿性水而難溶于酸性水，因此可以用堿性水溶液（如飽和石灰水、5%碳酸鈉或稀氫氧-化鈉溶液等）或堿性稀醇來提取。提取液加酸酸化后，黃酮類化合物即可沉淀析出。
在用堿提酸沉法進行提取純化時，應當注意所用堿濃度不宜過高，以免在強堿條件下，尤其在加熱時破壞黃酮母核；在加酸酸化時，酸性也不宜過強，以免生成詳鹽，致使析出的黃酮類化合物又重新溶解，降低產品得率；當原料中含有大量果膠、黏液質等水溶性雜質時，如花、果實等原料，宜用石灰乳或石灰水代替其他堿性水溶液進行提取，以使上述含羧基的雜質生成鈣鹽沉淀而不被溶出，更有利于黃酮類化合物的純化處理。
此法簡便易行、經濟安全，如蘆丁、橙皮苷、黃芩苷的提取均應用此方法。從槐花米中提取蘆丁的操作過程為：槐花米加約6倍量水，煮沸，在攪拌下緩緩加入石灰乳至pH8~9。在此pH條件下微沸20—30min，趁熱抽濾；濾渣再加4倍水煎煮1次，趁熱抽濾。合并濾液在60-70℃下，用濃鹽酸調pH至5，攪勻，靜置24h，抽濾。沉淀物水洗至中性，60℃干燥得蘆丁粗品，并于水中重結晶，70-80℃干燥得蘆丁純品。
