隨著人類基因 組計劃研究成果的公布，人們對基因的認識逐漸清晰，但基因數量的有限性和基因結構的相對穩定性，與生命現象的復雜性和多樣性之間存在巨大反差。如何了解眾多的基因與危害人類身心健康的疾病之間的關系，對生命科學研究者來說仍是一項長期而艱巨的任務。因此，作為生命活動的直接承擔者――蛋白質，成為后基因組時代生命研究的焦點，蛋白質組研究也成為生命科學研究的一個新領域。
1994年，澳大利亞科學家Wilkins首先提出了蛋白質組(proteome)的概念后，1996年澳大利亞建立了*1個蛋白質組研究中心(Australia Proteome Analysis Facility，APAF)。1997年，第1次國-際蛋白質組學會議召開，預言21世紀生命科學的重點將從基因組學轉移到蛋白質組學，為生命科學和醫學領域的研究帶來了新的生機。1998年，第二次國-際蛋白質組學會議在美國舊金山召開，參加者來自各大藥廠和公司。2001年，人類蛋白質組學組織(the Human Proteome Organization，HUPO)在華盛頓宣告成立。2004年10月，在中國北京召開的第三屆人類蛋白質組學會議，會議內容涉及人類各種組織和器官如心肌、腦組織、肝臟和胎盤等的蛋白質組學研究，將蛋白質組學應用于人類疾病研究方面取得了重大成就，與蛋白質組學研究相關的新方法與新技術的發展也促進了該領域學科的發展。隨著蛋白質組研究的不斷深入，將為揭示生長、發育、凋亡、代謝調控和信號傳導等生命活動的規律，對探討重大疾病(包括腫瘤、心血管疾病等)的發病機制、診斷和治療以及新藥開發等提供理論依據。
蛋白質組(proteome)名稱的由來是為了相對應于基因組(genome)。基因組是指一個細胞單倍型(haploidy)所含的全部遺傳信息，即DNA或RNA編碼的遺傳信息。蛋白質組則是指一個基因組、一個細胞、組織或一種生物體所表達的全部蛋白質。由于同一基因在不同細胞、不同組織中的表達情況各不相同，即使是同一細胞，在不同的發育階段、不同的生理條件下、不同的環境影響下，其蛋白質的存在狀態也木盡相同。因此，蛋白質組是一個在空間和時間上動態變化的整體。
蛋白質組學(proteomics)是全面研究細胞、組織乃至整個生命體內蛋白質組成及其活動規律的科學。采用大規模、高通量、高速度的技術手段，通過全局性研究基因組所表達的所有蛋白質在不同時間與空間的表達譜和功能譜，全景式地揭示生命活動的本質。
