（一）根據產生細胞因子的細胞種類不同分類
1.淋巴因子（lymphokine) 于命名，主要由淋巴細胞產生，包括T淋巴細胞、B淋巴細胞和NK細胞等。重要的淋巴因子有IL-2、IL-3、IL-4、IL-5、IL-6、IL-9、IL-10、IL-12、IL-13、IL-14、IFN-γ、TNF-β、GM-CSF和神經白細胞素等。
2.單核因子（monokine） 主要由單核細胞或巨噬細胞產生，如IL-1、IL-6、IL-8、TNF-α、G-CSF和M-CSF等。
3.非淋巴細胞、非單核-巨噬細胞產生的細胞因子 主要由骨髓和胸腺中的基質細胞、血管內皮細胞、成纖維細胞等細胞產生，如EPO、IL-7、IL-11、SCF、內皮細胞源性IL-8和IFN-β等。
（二）根據細胞因子主要的功能不同分類
1.白細胞介素（interleukin, IL) 1979年開始命名。由淋巴細胞、單核細胞或其它非單個核細胞產生的細胞因子，在細胞間相互作用、免疫調節、造血以及炎癥過程中起重要調節作用，凡命名的白細胞介素的cDNA基因克隆和表達均已成功，已報道有三十余種（IL-1―IL-38）。
2.集落刺激因子（colony stimulating factor, CSF) 根據不同細胞因子刺激造血干細胞或分化不同階段的造血細胞在半固體培養基中形成不同的細胞集落，分別命名為G（粒細胞）-CSF、M（巨噬細胞）-CSF、GM（粒細胞、巨噬細胞）-CSF、Multi（多重）-CSF（IL-3）、SCF、EPO等。不同CSF不僅可刺激不同發育階段的造血干細胞和祖細胞增殖的分化，還可促進成熟細胞的功能。
3.干擾素（interferon, IFN) 1957年發現的細胞因子，初發現某一種病毒感染的細胞能產生一種物質可干擾另一種病毒的感染和復制，因此而得名。根據干擾素產生的來源和結構不同，可分為IFN-α、IFN-β和IFN-γ，他們分別由白細胞、成纖維細胞和活化T細胞所產生。各種不同的IFN生物學活性基本相同，具有抗病毒、抗腫瘤和免疫調節等作用。
4.腫瘤壞死因子（tumor necrosis factor, TNF) 初發現這種物質能造成腫瘤組織壞死而得名。根據其產生來源和結構不同，可分為TNF-α和TNF-β兩類，前者由單核-巨噬細胞產生，后者由活化T細胞產生，又名淋巴毒素（lymphotoxin, LT)。兩類TNF基本的生物學活性相似，除具有殺傷腫瘤細胞外，還有免疫調節、參與發熱和炎癥的發生。大劑量TNF-α可引起惡液質，因而TNF-α又稱惡液質素（cachectin)。
5.轉化生長因子-β家族（transforming growth factor-β family, TGF-β family) 由多種細胞產生，主要包括TGF-β1、TGF-β2、TGF-β3、TGFβ1β2以及骨形成蛋白（BMP）等。
6.生長因子（growth factor,GF）如表皮生長因子（EGF）、血小板衍生的生長因子（PDGF）、成纖維細胞生長因子（FGF）、肝細胞生長因子（HGF）、胰島素樣生長因子-I（IGF-1）、IGF-Ⅱ、白血病抑制因子（LIF）、神經生長因子（NGF）、抑瘤素M（OSM）、血小板衍生的內皮細胞生長因子（PDECGF）、轉化生長因子-α（TGF-α）、血管內皮細胞生長因子（VEGF）等。
7.趨化因子家族（chemokine family) 包括四個亞族：（1）C-X-C/α亞族，主要趨化中性粒細胞，主要的成員有IL-8、黑素瘤細胞生chang刺激活性(GRO/MGSA）、血小板因子-4（PF-4）、血小板堿性蛋白、蛋白水解來源的產物CTAP-Ⅲ和β-thromboglobulin、炎癥蛋白10（IP-10）、ENA-78；（2）C-C/β亞族，主要趨化單核細胞，這個亞族的成員包括巨噬細胞炎癥蛋白1α（MIP-1α）、MIP-1β、RANTES、單核細胞趨化蛋白-1（MCP-1/MCAF）、MCP-2、MCP-3和I-309。（3）C型亞家族的代表有淋巴細胞趨化蛋白。（4）CX3C亞家族，Fractalkine是CX3C型趨化因子，對單核-巨噬細胞、T細胞及NK細胞有趨化作用。
