人體表面和體內都生活著大量的微生物，包括真菌、細菌、古細菌和病毒，其總量甚至超過了人體自身細胞的數量。血液作為人體最為重要的一個組織，起到了輸送氧氣和營養物質、傳導熱量以及防止微生物感染的作用。人類的血液由54.3%的血漿、45%的紅細胞、0.7%的白細胞和數量不定的血小板組成。過去曾普遍認為在健康人的血液中是不存在微生物的，只有在患有菌血癥等疾病的病人血液中才有可能檢測出微生物。但是近年來有越來越多的研究表明，在健康人的血液中也存在微生物，并且這些微生物與人體維持著微妙的共生關系。
隨著高通量測序技術逐漸成熟，對于人體微生物的了解也越發深入，且研究方向主要都集中在腸道微生物上，其次是口腔、眼睛、皮膚、肺、尿道等微生物分布較多的部位。血液作為一個曾一度被認為是無菌的組織，相關的研究則要落后不少。
由于血液的組成成分比較復雜，因此在采樣過程中需要根據具體的實驗需求制定不同的取樣方法，比較常見的方法為取全血樣本進行實驗，或是取血液中不同的組分進行實驗。
一、全血取樣
若研究對象為全血中的微生物，且不需要考慮樣本中細胞的活性，可以直接將樣本放在-80℃冰箱中保存，如果沒有-80℃冰箱，可以短期凍存在-20℃冰箱，也可以在取樣后加入抗凝劑EDTA或肝素等，或是直接使用含有抗凝劑的血液采集管，將樣本與抗凝劑與充分混勻后放在冰箱中凍存。抗凝劑可以有效地阻止血小板聚集，防止發生凝血，保證細胞的形態在較長的一段時間內不會發生變化。
若還需要考慮樣本中微生物的活性，或是要對微生物進行培養的話，則必須使用抗凝劑防止樣本凝固，并將樣本存放在室溫或是4℃冰箱中。此類樣本存放的時間不宜過長，建議盡快進行后續的實驗。
二、血液中不同組分的取樣
若研究對象為血液中的血漿、白細胞或紅細胞中的微生物，并且不考慮樣本中細胞的活性，則建議在取樣后盡快加入抗凝劑并將樣本離心，此時樣本會分為三層，如下圖1所示。
最上層的淡黃色透明液體為血漿，其中含有水、血漿球蛋白、血清蛋白、無機鹽等物質。中間一層白色的薄層為白細胞和血小板，其中主要含有中性粒細胞、嗜堿性粒細胞、單核細胞等白細胞以及血小板。最下層主要為紅細胞，整體呈暗紅色，且為不透明的固體狀。按照實驗需求取出不同的組分，并盡快將樣本凍存在-80℃冰箱中，如果沒有-80℃冰箱，可以短期凍存在-20℃冰箱，以便進行后續的實驗操作。
若還需要考慮血液樣本中微生物的活性，或是要對微生物進行培養，則建議在血液中加入抗凝劑后將樣本置于室溫或是4℃冰箱中，待需要進行實驗的時候再離心并取出需要的組分。此類樣本的存放時間不宜過長，建議盡快進行后續的實驗。
