1.層析柱的選擇
層析柱大小主要是根據樣品量的多少以及對分辨率的要求來進行選擇。一般來講，主要是層析柱的長度對分辨率影響較大，長的層析柱分辨率要比短的高；但層析柱長度不能過長，否則會引起柱子不均1、流速過慢等實驗上的一些困難。一般柱長度不超過100cm，為得到高分辨率，可以將柱子串聯使用。層析柱的直徑和長度比一般在1:25－1:100之間。用于分組分離的凝膠柱，如脫鹽柱由于對分辨率要求較低，所以一般比較短。
2.凝膠柱的鑒定
凝膠柱的填裝情況將直接影響分離效果，關于填裝的方法前面已有介紹，這里主要介紹對填裝好的凝膠柱的鑒定。凝膠柱填裝后用肉眼觀察應均勻、無紋路、無氣泡。另外通常可以采用一種有色的物質，如藍色葡聚糖-2000、血紅蛋白等上柱，觀察有色區帶在柱中的洗脫行為以檢測凝膠柱的均勻程度。如果色帶狹窄、平整、均勻下降，則表明柱中的凝膠填裝情況較好，可以使用；如果色帶彌散、歪曲，則需重新裝柱。另外值得一提的是，有時為了防止新凝膠柱對樣品的吸附，可以用一些物質預先過柱，以消除吸附。
3.洗脫液的選擇
由于凝膠過濾的分離原理是分子篩作用，它不象其它層析分離方式主要依賴于溶劑強度和選擇性的改變來進行分離，在凝膠過濾中流動相只是起運載工具的作用，一般不依賴于流動相性質和組成的改變來提高分辨率，改變洗脫液的主要目的是為了消除組分與固定相的吸附等相互作用，所以和其它層析方法相比，凝膠過濾洗脫液的選擇不那么嚴格。由于凝膠過濾的分離機理簡單以及凝膠穩定工作的pH范圍較廣，所以洗脫液的選擇主要取決于待分離樣品，一般來說只要能溶解被洗脫物質并不使其變性的緩沖液都可以用于凝膠過濾。為了防止凝膠可能有吸附作用，一般洗脫液都含有一定濃度的鹽。
4.加樣量
關于加樣前面已經有所介紹，要盡量快速、均勻。另外加樣量對實驗結果也可能造成較大的影響，加樣過多，會造成洗脫峰的重疊，影響分離效果；加樣過少，提純后各組分量少、濃度較低，實驗效率低。加樣量的多少要根據具體的實驗要求而定：凝膠柱較大，當然加樣量就可以較大；樣品中各組分分子量差異較大，加樣量也可以較大；一般分級分離時加樣體積約為凝膠柱床體積的1%－5%左右，而分組分離時加樣體積可以較大，一般約為凝膠柱床體積的10%－25%。如果有條件可以首先以較小的加樣量先進行一次分析，根據洗脫峰的情況來選擇合適的加樣量。設要分離的兩個組分的洗脫體積分別為Ve1和Ve2，那么加樣量不能超過（Ve1－Ve2）。實際由于樣品擴散，所以加樣量應小于這個值。從洗脫峰上看，如果所要的各個組分的洗脫峰分得很開，為了提高效率，可以適當增加加樣量；如果各個組分的洗脫峰只是剛好分開或沒有*分開，則不能再加大加樣量，甚至要減小加樣量。另外加樣前要注意，樣品中的不溶物必須在上樣前去掉，以免污染凝膠柱。樣品的粘度不能過大，否則會影響分離效果。
5.洗脫速度
洗脫速度也會影響凝膠過濾的分離效果，一般洗脫速度要恒定而且合適。保持洗脫速度恒定通常有兩種方法，一種是使用恒流泵，另一種是恒壓重力洗脫。洗脫速度取決于很多因素，包括柱長、凝膠種類、顆粒大小等，一般來講，洗脫速度慢一些樣品可以與凝膠基質充分平衡，分離效果好。但洗脫速度過慢會造成樣品擴散加劇、區帶變寬，反而會降低分辨率，而且實驗時間會大大延長；所以實驗中應根據實際情況來選擇合適的洗脫速度，可以通過進行預備實驗來選擇洗脫速度。市售的凝膠一般會提供一個建議流速，可供參考。
總之，凝膠過濾的各種條件，包括凝膠類型、層析柱大小、洗脫液、上樣量、洗脫速度等等，都要根據具體的實驗要求來選擇。例如樣品中各個組分差異較小，則實驗要求凝膠過濾要有較高的分辨率，提高分辨率的選擇應主要包括：選擇包括各個待分離組分但分離范圍盡量小一些的凝膠，選擇顆粒小的凝膠，選擇分辨率高的凝膠類型，選擇較長、直徑較大的層析柱、減少加樣量、降低洗脫速度等等。但正如前面講過的，各種選擇都有一個限度的問題，超過這個限度可能會產生相反的效果。另外需要提的一點是，實驗時應盡可能的參考相關實驗和文獻以及進行預實驗，以選擇最合適的實驗條件。
