蛋白質樣品的制備，是蛋白質研究的第一步，不論后續采用何種分離或鑒定手段，樣品制備都是重要步驟。
蛋白質樣品制備的意義
生物的蛋白質種類多達 10 萬種以上，樣品中的蛋白質種類也可達到1萬種以上，但大部分蛋白質的拷貝數很少，因此通過樣品制備起到濃縮蛋白質的作用。
去除樣品中各種非蛋白質的影響。
如何進行蛋白質的制備
蛋白樣品制備包括蛋白質的分離，提取和純化。從各類研究角度而言，樣品制備都要盡可能獲得所有樣品中的蛋白質，但是由于蛋白質種類多，豐度不一，物化特性多樣等因素，要到達真正的*蛋白質制備是非常困難的。
在制備中丟失的蛋白是永遠不可能在后面試驗中彌補回來的！
樣品制備的原則:
盡可能采用簡單的方法進行樣品的制備。
盡可能提高樣品的溶解度，使所有待分析的蛋白質樣品全部處于溶解狀態，且穩定可重復。
盡可能減少蛋白的降解。
根據下游實驗選擇決定提取蛋白的方法，例如提取變性還是活性蛋白，提取總蛋白還是亞細胞結構組分蛋白。
盡量去除干擾下游應用的雜質，包括但不僅限于核酸，組織碎片，或某些高豐度無關蛋白。
樣品制備的基本流程：
樣品的破碎
樣品的裂解
雜質的去除及蛋白質溶液的獲取
樣品的破碎
為了*分析細胞內蛋白，樣品必須經過有效的破碎，破碎方法的選擇依賴于樣品來源不同（如組織，固定組織，難研磨組織，脂肪，菌體）而不同，同時也依賴于提取蛋白的類型（如是獲取總蛋白還是特殊的亞細胞結構組分）。
通常組織樣品和微生物樣品都需要進行破碎處理，而細胞樣品不需要。破碎可以通過滲透，凍融，酶解，超聲，高壓，液氮研磨，機械勻漿，玻璃珠勻漿等方式完成。選擇破碎方式時也要考慮使用的裂解液配方是否可以完/美的配合，以得到最佳的提取效果。提取總蛋白時需要盡量的破碎樣品釋放蛋白，而特殊的亞細胞結構分離則需要根據提取方法采用合適的破碎方式。
提示：內源性的蛋白酶通常存在于細胞質內，在細胞破碎時可能會釋放出來，導致某些蛋白質的降解，從而影響下游實驗結果，因此可在細胞裂解前添加蛋白酶抑制劑加以保護。
