硫胺素
即維生素B1。它在生物體內的輔酶形式是硫胺素焦磷酸 (TPP)。
硫胺素焦磷酸過去也稱為輔羧酶。它在動物糖代謝中起著重要作用，例如丙酮酸在脫羧作用時需要它。在TPP缺少的情況下，代謝中間物丙酮酸不能順利脫羧會積聚于血液和組織中而出現神經炎癥狀。TPP 還是其他酶例如 -酮酸氧化酶、轉酮醇酶的輔酶。TPP催化的酶反應還需要有鎂離子的存在。
煙/酰胺
是一系列酶類的輔酶的前體。
很早就知道煙/酰胺可以防止糙皮病。1904年已知酒精發酵時不能缺少一種叫輔酶Ⅰ的物質，1933年這種輔酶Ⅰ被分離出來。1934年德國生化學家O.瓦爾堡又分離出一個與輔酶Ⅰ相近似的物質，稱為輔酶Ⅱ，并證實了煙/酰胺是這兩種輔酶的組成部分，已經弄清楚輔酶Ⅰ的化學組成是煙/酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD），輔酶Ⅱ的化學組成為煙/酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸（NADP）。
以NAD和NADP為輔酶的酶，稱為吡啶核苷酸（或煙/酰胺核苷酸）連接的脫氫酶。這些酶催化細胞內的氧化還原反應。一般說來，與NAD相連的脫氫酶類通常與呼吸過程有關，而與NADP相連的則與生物合成反應有關。
輔酶I（NAD）
化學名為煙/酰胺腺嘌呤二核甘酸或二磷酸煙苷，在哺乳動物體內存在氧化型（NAD+）和還原型（NADH）兩種狀態，是人體氧化還原反應中重要的輔酶。同時，它是NAD+依賴型ADP核糖基轉移酶的唯1底物，這類酶在體內主要有三種：1.ADP核糖基轉移酶或聚核糖基聚合酶（PARP）；2.環ADP核糖合成酶(cADPR synthases) ；3.III蛋白型賴氨酸去乙酰化酶Sirtuins。這類酶將輔酶I（NAD+）作為底物分解成ADP核糖和煙/酰胺（Nam），在不同細胞中發揮不同生理功能 。
核黃素
即維生素B2。參與組成兩種輔酶，是細胞內的氧化還原系統的主要成分，它們是黃素單核苷酸(FMN)和黃素腺嘌呤二核苷酸(FAD)。
FMN和FAD是一系列黃素連接的氧化還原酶或稱為黃素蛋白類的輔酶，從它們與酶蛋白結合緊密的程度來說，也可認為是輔基。這些酶中有的除了FMN或FAD外，還需要一些金屬輔助因子，如鐵或鉬離子等。因此它們被稱為金屬黃素蛋白。這些酶催化一系列可逆或不可逆的細胞中的氧化還原反應。
吡哆醛及其衍生物
吡哆醛、吡哆胺和吡哆醇總稱為維生素B6。維生素B6參與形成兩種輔酶，即吡哆醛磷酸和吡哆胺磷酸。
需要吡哆醛磷酸或吡哆胺磷酸作為輔酶的酶在氨基酸代謝中特別重要，催化轉氨、脫羧以及消旋作用等。
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