一、柱子可以分為：加壓，常壓，減壓
壓力可以增加淋洗劑的流動速度，減少產品收集的時間，但是會減低柱子的塔板數。所以其他條件相同的時候，常壓柱是效/率最高的，但是時間也最長，比如，天然化合物的分離，一個柱子幾個月也是有的。
減壓柱能夠減少硅膠的使用量， 感覺能夠節省一半甚至更多，但是，由于大量的空氣通過硅膠會使溶劑揮發（有時在柱子外面有水汽凝結），以及有些比較易分解的東西可能得不到，而且還必須同時使用水泵抽氣（很大的噪音，而且時間長）。以前曾經大量的過減壓柱，對它有比較深厚的感情，但是自從嘗試了加壓后，就幾乎再也沒動過減壓的念頭了。
加壓柱是一種比較好的方法，與常壓柱類似，只不過外加壓力使淋洗劑走的快些。壓力的提供可以是壓縮空氣，雙連球或者小氣泵（給魚缸供氣的就行）。特別是在容易分解的樣品的分離中適用。壓力不可過大，不然溶劑走的太快就會減低分離效果。個人覺得加壓柱在普通的有機化合物的分離中是比較適用的。
二、關于柱子的尺寸，應該是又粗又長的最好
柱子長了，相應塔板數就高。柱子粗了，上樣后樣品原點就小（反映在柱子上就是樣品層比較薄），這樣相對減小了分離難度。試想如果柱子10 cm，而樣品層只有2 cm，那么分離難度可想而知，恐怕要用很低極性溶劑慢慢沖了。如果樣品層有 0.5 cm，那么各組分就比較容易得到*分離了。當然采用粗大的柱子要犧牲比較多的硅膠和溶劑了，不過這些成本相對于產品來說也許就不算什么了（溶劑回收重蒸后也可減小了部分浪費）。
現在常見的柱子徑高比一般為 1：5~10，硅膠量是樣品量的 30～40倍，選擇時要具體分析。如果所需組分和雜質比較容易分開（是指所需組分 Rf 在0.2～0.4，雜質相差0.1 以上），就可以少用硅膠，用小柱子（例如200 mg樣品，用50px×500px柱子）；如果相差不到 0.1，就要加大柱子，可以增加柱子直徑，比如用 75px 的，也可以減小淋洗劑極性等。關于無水無氧柱，適用于對氧，水敏感，易分解的產品。
可以濕柱，也可以干柱。不過在樣品之前至少要用溶劑把柱子飽和一次，因為，溶劑和硅膠飽和時放出的熱量有可能使產品分解，畢竟要分離的是敏感的東東，小心不為過。因為分離的東西比較敏感，所以接收瓶一定要用可密封的，遵循 schlenk 操作。
三、關于濕法、干法上樣
濕法省事，一般用淋洗劑溶解樣品，也可以用二氯甲烷、乙酸乙酯等。但溶劑越少越好，不然溶劑就成了淋洗劑了。很多樣品在上柱前是粘乎乎的，一般沒關系。可是有的上樣后在硅膠上又會析出，一般都是比較大量的樣品才會出現，是因為硅膠對樣品的吸附飽和，而樣品本身又是比較好的固體才會發生，應該先重結晶，得到大部分的產品后再柱分，如果不能重結晶那就不管它了，直接過就是了，樣品隨著淋洗劑流動會溶解的。
有些樣品溶解性差，能溶解的溶劑又不能上柱（比如DMF，DMSO 等，會隨著溶劑一起走，顯色是一個很長的脫尾），這時就必須用干法上柱了。樣品和硅膠的量有一種說法是 1：1，應該是越少越好，但是要保證在旋干后，不能看到明顯的固體顆粒（那說明有的樣品沒有吸附在硅膠上）。
四、溶劑的選擇
當然是最/便宜，最/安全，最/環保的了，所以大多選用石油醚，乙酸乙酯。文獻中有用正己烷的，太貴了，除非特別需要盡量不要用，不然銀子嘩嘩的，流的比淋洗劑還快，不過，因為極性很小，有時還是非它不可。乙/醚也可以用，但是，就是容易睡覺，注意保持清醒別讓溶劑流干了，那樣柱子也就不爽了。
二氯甲烷也有用的，但是要知道，它和硅膠的吸附是一個放熱過程，所以夏天的時候經常會在柱子里產生氣泡，天氣冷的時候會好一些。甲醇，據說能溶解部分硅膠，所以產品如果想過元素分析的話要留神，應該經過后繼處理，比如，重結晶等。其他溶劑用的相對較少，要依不同需要選擇。
由于某些原因，用到的淋洗劑多是大包裝的（便宜嘛），如用 10 L或 25 L塑料桶裝的， 要注意這些工業品的純度是較低的。經常能夠從送來的大桶底部看見有色的雜質，其他雜質就可想而知了， 所以在比較嚴格的柱分時就要對溶劑重蒸。當然，過原料時就可以免去這一步了，反正下面還有提純的方法。
另外，溶劑在過柱子后最好也回收使用，一方面環保，另一方面也能節省部分經費，缺點是要消耗一定的人工。這里要注意的是，一般在過柱同時進行的是減壓旋蒸，石油醚和乙酸乙酯的比例由于揮發度的不同會導致/極性的變化，一般會使得極性變大，在梯度淋洗時比較合適，正好極性越來越大了。在過完柱子后，溶劑最后回收要采用常壓，因為在減壓旋蒸時會有部分低沸點的雜質一起出來， 常壓時就會減少這種現象，如果雜質和你下面要過的樣品有反應那就慘了。
五、關于操作問題
1.裝柱
柱子下面的活塞一定不要涂潤滑劑，會被淋洗劑帶到產品中的，可以采用四氟節門的。干法和濕法裝柱沒什么區別，只要能把柱子裝實就行。裝完的柱子應該要適度的緊密（太密了淋洗劑走的太慢），一定要均勻（不然樣品就會從一側斜著下來）。書中寫的都是不能見到氣泡，其實在大多數情況下有些小氣泡沒太大的影響，一加壓氣泡就全下來了。當然如果你裝的柱子總是有氣泡就說明需要多練習了。但是柱子更忌諱的是開裂，甭管豎的還是橫的，都會影響分離效果，甚至作廢！
2.加樣
用少量溶劑溶樣品加樣，加完后將下面的活塞打開，待溶劑層下降至石英砂面時，再加少量低極性溶劑，然后再打開活塞，如此兩三次，一般石英砂就基本是白色的了。加入淋洗劑，一開始不要加壓，等溶樣品的溶劑和樣品層有一段距離（2～100px 就夠了），再加壓，這樣避免了溶劑（如二氯甲烷等）夾帶樣品快速下行。
3.淋洗劑的選擇
感覺上要使所需點在 Rf0.2~0.3 左右的比較好。不要認為在板上爬高了分的比較開，過柱子就用那種極性，如果 Rf 在 0.6，即使相差 0.2 也不容易在柱子上分開，因為柱子是一個多次爬板的狀態。
可以通過公式的比較：0.6/0.8一次的分離度，肯定不如（0.2/0.3）的三次方或四次方大。
4.樣品的收集
用硅膠作固定相過柱子的原理是一個吸附與解吸的平衡，所以，如果樣品與硅膠的吸附比較強的話，就不容易流出。這樣就會發生，后面的點先出，而前面的點后出。這時可以采用氧化鋁作固定相。
另外，收集的試管大小要以樣品量而定，特別是小量樣品，如果用大試管，可能一根就收到了三個樣品。嗚嗚，如果都用小試管那工作量又太大。
5.最后的處理
柱分后的產品，由于使用了大量的溶劑，其中的雜質也會累積到產品中，所以，如果想送分析，最好用少量的溶劑洗滌一下，因為，大部分雜質溶在溶劑里，一洗基本就沒了，必要時進行重結晶。
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