(1)如果稀釋度大的平板上菌落數反比稀釋度小的平板上菌落數高，則系檢驗工作中發生的差錯，屬實驗室事故。此外，也可能因抑菌劑混入樣品中所致，均不可用作檢樣計數報告的依據。
(2)如果平板上出現鏈狀菌落，菌落之間沒有明顯的界限，這是在瓊脂與檢樣混合時，一個細菌塊被分散所造成。一條鏈作為一個菌落計，如有來源不同的幾條鏈，每條鏈作為一個菌落計，不要把鏈上生長的各個菌落分開來數。此外，如皿內瓊脂凝固后未及時進行培養而遭受昆蟲侵入，在昆蟲爬過的地方也會出現鏈狀菌落，也不應分開來數。
(3)如果所有平板上都有菌落密布，不要用多不可計作報告，而應在稀釋度最大的平板上，任意數其中2cm2個，除2求出每cm2內平均菌落數乘以皿底面積63.6cm2數，再乘其稀釋倍數作報告。例如10-1～10-3稀釋度的所有平板上均菌落密布，而在lO-3稀釋的平板上任數2個cm2。內的菌落數是60個，皿底直徑為9cm，則該檢樣每g(或m1)中“估計"菌落數為：60／2×63．6×1000=1908000或1.9×106。
63.6cm2數系按皿底直徑為9cm時計算而得，即：(9／2)2×3．14=63．6；如所用平皿的皿底直徑不是9cm，則可按其直徑的實際cm數代人圓面積公式求出。
(4)菌落計數中，如能使用菌落計數器，則比較方便，燈光由側面射向平板，菌落易于觀察。由于儀器帶有電子音響訊號，用特制金屬探筆點數中，在發出音響之下始顯示數字增加，不會發生差錯。且燈光與平板之間夾有多用方格玻質規板(方格面積為lcm2)，也有助于對菌落密布的平板進行計數。
(5)檢樣如系微生物類制劑(如酸牛乳、酵母制酸性飲料)，則平板計數中應相應地將有關微生物(乳酸桿菌、酵母菌)排除，不可并入檢樣的菌落總數內作報告。一般在校正檢樣的pH7．6后，再進行稀釋和培養，此類嗜酸性微生物往往即不易生長。并可用革蘭氏法染色鑒別。染色鑒別時，要用不校正pH的檢樣做成相同稀釋度的稀釋液培養所生成的菌落涂片染色作對照，以資辨別。酵母菌卵圓形，遠比細菌大，大小為2～5×5～30μm，革蘭氏陽性著色。乳酸桿菌在24小時內，于普通營養瓊脂平板上在有氧條件下培養，通常是不生長的。
