Van der Donk和同事與美國衛生與醫療研究所（HHMI）、加州大學洛杉磯分校生物化學和生理學教授Tamir Gonen實驗室合作，在Science雜志上發表文章。
微生物是生物分子世界的料理高手；總的來說，它們擁有產生大量未知物質的能力，其中一些物質可能具有治療或其他有用的特性。在尋找有用的產物時，伊利諾伊州的化學家發現了一個利用微生物生產的全新配方。
“這些酶的反應令人難以置信。當我們次看到它的時候，我們不禁撓頭，”該研究的，霍華德休斯醫學研究所（HHMI）研究員Wilfred van der Donk說。“然后，我們必須努力證明這種酶的反應是如何被執行的。”
Van der Donk和同事與美國衛生與醫療研究所（HHMI）、加州大學洛杉磯分校生物化學和生理學教授Tamir Gonen實驗室合作，在Science雜志上發表文章。這項工作得到了HHMI和國立衛生研究院的支持。
文章一作Chi Ting和van der Donk的目標是通過探索基因組來發現新的自然產物——微生物產生的潛在有用物質——一種稱為基因組挖掘的策略。
“基因組挖掘可以讓你尋找那些你*不知道它們會是什么的化合物。”van der Donk說，“我們團隊中的許多實驗室正試圖通過基因組挖掘來發現新的抗生素，以及尋找一些我們不知道制造什么的不尋常的東西，然后你試圖在一個合適的有機體中制造這種化合物。”
細胞利用氨基酸制造蛋白質，蛋白質是生物的主要結構和執行機器。蛋白質是由20種不同類型的氨基酸組成的長鏈；而肽則是短鏈。一些類型的微生物天然產品是由小肽經過化學修飾后形成的。
蛋白質和大多數肽由核糖體組裝，就像面包店的糕點廚師。天然產物一般由兩種途徑制造：一種是糕點師核糖體按照基因編寫的食譜，將氨基酸序列連接在一起。另外一種是其他基于肽的天然產品由專門的酶團隊進行深加工，這些酶不遵循DNA模板，而是反復創造相同類型的連接和修飾來生成一種產品。
“在天然產物的生物合成中，兩種途徑都被使用，”van der Donk說。“現在，我們偶然發現了同時具有這兩種特征的新途徑”
研究人員在檢查感染植物的丁香假單胞菌（pseudomonas syringae）的一組基因時，意外地發現了這一現象。他們發現，它們的基因簇包括一個由核糖體執行的包含肽信息的基因簇，而另一個編碼的基因簇包含一種可以在肽鏈上添加另一種氨基酸的酶。這就像糕點廚師（核糖體）準備做面包的面團，然后把面團交給家庭面包師（酶）來完成準備工作。
“回想起來，這只是一種非常聰明的做事方式，”van der Donk說。“有一種酶可以對已有的肽起作用，這就意味著現在你可以用它不斷地地生產自然產品。”
為了充分描述它們的天然產物及其合成過程，Donk的團隊想要更好地了解其結構。然而，事實證明，這種分子過于不穩定，無法使用傳統技術。研究人員聯xi了Gonen，他的實驗室近采用了一種的方法——使用電子顯微鏡觀察純凈物質的速凍微晶——來測定小分子的結構。
“一旦你生產出天然產品，現在你需要弄清楚它是什么，我們的合作者展示了這種方法對解析未知自然起源分子的效果，”van der Donk說。“這對兩個實驗室來說是雙贏的。我認為其自然產品也可能會開始使用這種技術。”
van der Donk和他的團隊已經知道了這種合成的替代途徑的存在，他們還發現了其他類似機制的例子，包括土壤微生物產生抗腫瘤化合物。除了擴大識別基因簇的能力外，研究者們還很興奮地發現了利用這些基因簇的新途徑。
“我們將其用于合成生物學，”van der Donk說。“因為合成生物學制造一種天然產品所需的花費和資源相當低。你制造這種肽，一些酶，然后就能產出一種抗腫瘤化合物。現在有很多人對工程細菌的抗癌活性很感興趣，可以讓生物體為你制造分子。”
