實驗原理：瓊脂糖是海藻中提取的線狀高聚物，不同濃度的瓊脂糖密度不同，一般PCR產物使用2%濃度，0.5Kb-10Kb的DNA使用1%濃度，基因組DNA使用0.3%-0.7%濃度；不同大小的核酸在同一濃度的凝膠中遷移率不同，因為分子越大其受瓊脂糖的阻力越大，遷移率與堿基對的對數值成反比；同分子量不同構象的核酸遷移率也不同，超螺旋環狀DNA遷移率>線狀DNA遷移率>帶切口環狀DNA遷移率。
熒光染料溴化乙錠可嵌入DNA堆積堿基間，DNA吸收的254nm的紫外輻射與溴化乙錠在302nm和366nm處的光吸收可在590nm處(可見光紅橙區)發光，利于觀察，用于核酸凝膠鑒定。
一、實驗材料
瓊脂糖、溴化乙錠(10mg/ml)、6×loading buffer、凝膠電泳緩沖液(1×TAE或0.5×TBE)、電泳儀、電泳槽、微波爐
50×TAE(儲存液)： 242g/L Tris堿
57.1ml/L 冰乙酸
100ml/L 0.5M EDTA (PH 8.0)
6×loading buffer：0.25% 溴酚蘭
0.25% 二甲苯青FF
15%聚蔗糖(Ficoll 400型)(pharmacia)
瓊脂糖(promega)
二、實驗方法
1．配置凝膠電泳緩沖液，用相應的凝膠電泳緩沖液配置相應濃度的凝膠。
2．微波爐加熱使凝膠融化，溫度降至60℃左右加入溴化乙錠(終濃度為0.5μg/ml)混勻。
3．將膠倒入槽中至厚度約3-5mm左右，梳子距槽底1-2mm，并去除氣泡。
4．倒入凝膠電泳緩沖液，小心拔去梳子。
5．DNA樣品與6×loading buffer混勻加入凝膠加樣孔中，接上電源，電壓降采用1－5V/cm，DNA由負極向正極移動。
6．電泳一般30分鐘足矣，可根據溴酚蘭和二甲苯青FF的位置延長電泳時間，電泳完畢，UV下觀察。
三、注意
1．溴化乙錠是強誘變劑兼有中毒毒性，使用時必須戴手套。
2．不同的DNA樣品需不同的電泳方案，需參見文獻。本文為一般常用法。
