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質粒表達載體具有克隆載體的基本元件還具有轉錄/翻譯所必需的DNA順序的載體。天然存在的野生型質粒由于分子量大、拷貝數低、單一酶切位點少、遺傳標記不理想等缺陷，不能滿足克隆載體的要求，因此往往需要以多種野生型質粒為基礎進行人工構建。

質粒表達載體按進入受體細胞的類型可分為：
原核載體；真核載體；穿梭載體指在兩種宿主生物體內復制的載體分子，因而可以運載目的基因（穿梭往返兩種生物之間）。穿梭質粒含原核和真核生物2個復制子，以確保兩類細胞中都能擴增。

質粒表達載體之質粒的接合轉移方法：是細菌遺傳物質轉移的一個重要方式。在質粒轉移過程中，供體菌和受體菌通過結合作用緊密接觸，質粒從供體細胞向受體轉移，同時進行質粒復制。按能否自主轉移，可以將天然存在的質粒分為轉移型質粒和非轉移型質粒兩大類。這里要注意的是，獲得質粒的細菌可隨之而獲得一些生物學特性，如耐藥性或產生細菌素的能力等。從環境友好出發，實驗室里的廢棄菌液，一定要滅過菌才能倒哦。

質粒載體按功能可分為這些：
整合質粒：裝有整合促進基因及位點 便于外源基因的整合。
探針質粒：裝有報告基因 便于啟動子等元件的克隆篩選。
高拷貝質粒：突變拷貝數控制基因 拷貝數1000-3000擴增基因。
低拷貝質粒：來自pSC101 拷貝數小于10 表達某些毒性基因。
測序質粒：含有測序通用引物互補序列和多酶接頭polylinker。
溫敏質粒：在不同溫度下表現出拷貝數、整合等不同性質。